在组织争霸赛中，组织分组是根据报名情况和战力排名来决定的。每个玩家只有在报名后才能参与这个玩法，且组织等级达到3级，上周累计组织密令达到90个的组织才可以报名参赛。该玩法的难度非常高，需要你手里有更多的忍者搭配队伍。在报名成功后，系统会根据组织战力排名，选取前16名的组织进入本服争霸赛。期间还有小组赛玩法挑战，每组的组织通过对决决出胜负，最终每组胜出的组织进入决赛阶段。
如果系统是根据组织的整体战力进行排序，那么各个战力水平一致的玩家会进行决赛，成功的玩家才能进入争霸赛。战力通常是综合组织成员的实力、装备等级、忍者等级等因素分配的。所以我们可以从这几个方面提升自己的水平，争取进入争霸赛拿到更多的资源奖励。
还有一种玩法是随机分配，在确定参赛组织后，这些组织会被随机分成若干小组。这种随机性可以增加玩家的上分率，避免强队提前相遇，同时也让每个组织都有机会展现实力。这个玩法应该是公平性最高的，运气好的玩家是可以苟到最后混到不少的奖励资源的。
掌握这些最基础的玩法设置后，玩家要做的就是选择参与此次任务的忍者。各个忍者的实力水平不同，优先选择s级忍者上分率最高，还有就是看玩家的操作水平，低水平的玩家可能在分组赛的时候就被刷走了。
