地下世界比地面更加危险，但同时也蕴藏着丰富的宝石资源，包括红宝石、蓝宝石、紫宝石、绿宝石、橙宝石和黄宝石。这些宝石各有用途，例如红宝石可用于制作魔法物品和提升冰箱等级，蓝宝石则能用于魔法物品和发电机升级。进入地下坑的入口通常隐藏在岩石或特殊地形中，玩家需要仔细探索地面世界以发现这些通道。
地下洞穴中的宝石主要通过开采特定矿物和击败怪物获取。石灰岩区域散布着犀牛头骨矿和大理石矿，开采这些岩石时有概率掉落宝石。岩石龙虾和深渊蠕虫等地下怪物被击败后也有几率掉落宝石。远古遗迹区域是获取宝石的重要地点，玩家可以找到远古科技站和雕像，击碎雕像后会掉落宝石。某些生物群落如发光浆果灌木丛和蓝色萤光菌群落附近的地面也可能散落着宝石。需地下世界完全黑暗，必须始终保持光源，可使用手电筒、矿工帽或荧光果实提供照明。
风滚草和坟墓也是获取宝石的途径之一。开启风滚草有几率获得宝石，虽然概率较低但风险较小。挖取坟墓时同样有机会得到宝石，但有10%几率会挖出主动攻击的鬼魂，建议携带基础战斗装备应对。紫宝石作为特殊资源，可通过破坏伪科学远古基地、破损的发条或华丽宝箱获取，也可用红宝石和蓝宝石合成。麦斯威尔角色开局自带紫宝石，这种宝石能用于制作暗影操纵者、蝙蝠棍等高级魔法物品。
探索过程中需注意资源管理和安全措施。建议准备充足的食物和医疗用品以维持生命值与理智值，合理使用地图标记功能记录重要资源点和危险区域。对于难以直接获取的橙宝石，可尝试在远古遗迹区寻找或通过地震后掉落获得。彩虹宝石作为特殊道具，需要通过修复月亮石祭坛并用唤星者法杖进行转化才能获取，它是进入地下月岛场景的关键道具。
