Ledock下载
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2022-08-16
系统：WinAll
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Ledock简介
Ledock 是一款高效的分子对接软件，专为大规模虚拟筛选而设计。它采用了配位与蛋白激酶之间的“锁-钥”原理，通过模拟小分子与蛋白激酶分子伴侣之间的相互作用，为相关学科的研究者提供了一个强大的工具。
软件特点 Ledock 软件包括两个主要菜单：LePro 和 LeDock。LePro 用于分子结构蛋白质处理，可以去除蛋白质中的正离子、金属离子和水分子等，并生成用于分子对接的 IN 文件。LeDock 则用于执行分子对接操作。
如何使用
蛋白质准备 在 LePro 的 Protein Input 标签中，选择 3cl0.pdb 文件的路径（注意路径中不能包含中文）。软件会自动在该路径下生成 pro.pdb（处理后的蛋白质的 PDB 文件）和 dock.in（用于下一步分子对接的参数文件）。点击 Add Hydrogen 后，这两个文件会立即生成。
分子对接 在 LeDock 的 Protein Input 和 Docking Input 标签中，分别指定上一步生成的 pro.pdb 和 dock.in 文件的路径。在 Ligand Input 标签中，指定需要对接的配位体（lig.mol2）的路径（该路径需与前面两个文件的路径相同，且对接的分子结构必须为 mol2 文件格式）。最后点击 Start Docking，会生成 Lig.dok 文件（对接产生的分子构象所属文件），该文件可以用 Pymol 软件观察分子的构象。
总结 Ledock 软件以其高效的分子对接能力和易用性，为研究者提供了一个强大的工具，有助于加速药物设计和筛选过程。
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